El Sistema Universitario de Programas de Acreditación fue creado en Cuba debido al grado de desarrollo alcanzado por la Educación Superior y su inserción cada vez mayor en el contexto internacional, con el objetivo de contribuir a elevar la calidad de la educación superior mediante la certificación al nivel nacional e internacional de programas e instituciones que cumplan requisitos de calidad establecidos. Es por ello que al consolidarse la Maestría como figura del posgrado académico con reconocimiento internacional se hiso necesario implantar el SEA-M (Sistema de evaluación y acreditación de Maestrías). El IPK cuenta con 5 Programas de Maestrías como parte de su actividad docente, en este sentido se solicitó a la Junta de Acreditación Nacional su certificación y para esto se confeccionaron por cada uno de los Programas el documento de evaluación externa desarrollando en el mismo las 6 variables que dicta el Reglamento de evaluación y se presentaron para ser evaluados en el año 2013, cumpliendo la segunda etapa del Sistema de evaluación, la JAN realizó la evaluación externa a las 5 Maestrías en Septiembre 2013 y en Enero de 2014 se realizó la Acreditación de las mismas por parte de la Junta de Acreditación Nacional del Ministerio de Educación Superior, obteniendo los siguientes resultados: Maestría de Epidemiología acreditada de Excelencia, Maestría de Virología acreditada de Excelencia, Maestría de Parasitología acreditada de Excelencia, Maestría de Bacteriología-Micología acreditada de excelencia y Maestría de Infectología y enfermedades tropicales acreditada de Certificada.